Sempre que estiver clara ou implícita a palavra razão, use por que separado, tanto nas orações interrogativas diretas quanto nas indiretas: Por que (razão) você foi? / Não sei por que (razão) ele faltou. / Explique por que (razão) você se atrasou.
Quando no fim do período, usa-se por quê, com acento circunflexo:
Você se atrasou, por quê?

Porque é conjunção subordinativa causal e equivale a pois, uma vez que, pelo fato de que: Ele se atrasou porque o trânsito estava congestionado. / Fui porque me pediram. / Você faltou porque choveu?
Quando empregado como substantivo, usa-se a forma porquê: Quis saber o porquê disso. / Explique-me todos os porquês deste fracasso.